Existen algunos tratamientos que mejoran las alteraciones bioquímicas, pero no existe un tratamiento definitivo para la clínica de los pacientes con deficiencia de PDH.

Unos pocos pacientes han respondido al tratamiento con tiamina, por lo que es importante probarlo en todos los pacientes con esta deficiencia.

El tratamiento de los defectos de síntesis se basa en la administración de creatina, que corrige el defecto de creatina cerebral.

La acumulación de guanidinoacetato que se produce en la deficiencia de GAMT se puede mejorar con una dieta baja en arginina y suplementada en ornitina.

Los AA+ (lisina, ornitina y arginina) son los que tienen en su estructura dos grupos amino y un grupo ácido.

La lisina es un aminoácido esencial, que no se sintetiza en el organismo y proviene de las proteínas de la dieta.

La ornitina y arginina son aminoácidos intermediarios del ciclo de la urea. La lisina y arginina son proteinógenos (forman parte de todas las proteínas).  

El bebé nace sin problemas, ya que hasta el momento del parto es su madre la que se encarga de metabolizar las proteínas y elimina el amonio bien, aunque sea portadora de una información errónea.

Cuando el bebé comienza a alimentarse, las proteínas de la leche se degradarán y liberarán todos los aminoácidos, que a su vez liberarán amonio. El amonio tiene bloqueada su vía de transformación en urea, o sea el ciclo de la urea, y comenzará a acumularse.

Cuando existe un error en el metabolismo del amonio, alguna de las reacciones del ciclo de la urea no se produce con la debida eficacia y los compuestos anteriores a dicha reacción se acumulan, mientras que los posteriores no se sintetizan correctamente.

Cualquiera de las reacciones del ciclo de la urea puede fallar debido a un defecto de una enzima o de un transportador, causando una acumulación de amonio en sangre y en el cerebro, que se conoce como hiperamonemia.